En 1991, Kwun, le parrain des parrains est assassiné. Hau, le fils de Kwun, reprend à la surprise générale l'affaire paternelle avec le soutien de Sam, resté fidèle à Kwun.
L'inspecteur Wong, redoutant le bain de sang entre les caïds de la pègre de Hong Kong, décide d'infiltrer la triade et envoie Yan, un jeune officier accessoirement demi-frère de Hau.
Parallèlement, Sam infiltre la police au moyen de sa taupe Ming.

Se situant avant le premier volet de la trilogie Infernal Affairs et après le numéro deux, l'officier de police Ming, soupçonné à un moment de corruption et d'être responsable du meurtre de son collègue Yan, revient aux affaires internes. Á la suite du suicide d'un policier, il suspecte l'inspecteur Yeung d'être une taupe travaillant pour la mafia et découvre que ce dernier est étrangement lié à la dernière affaire sur laquelle travaillait Yan.