Après avoir semé le trouble au Kazakhstan, le général Alexander Radek est capturé par un commando russo-américain et jeté en prison. Trois semaines après, le président américain John Marshall reçoit un accueil triomphal à Moscou et lance une solennelle déclaration de guerre au terrorisme. Alors qu'il rentre à Washington à bord de l'Air Force One en compagnie de sa femme, de sa fille et de son cabinet, des terroristes investissent l'appareil et séquestrent les passagers.

Chargés de protéger la Terre de toute infraction extraterrestre et de réguler l'immigration intergalactique sur notre planète, les Men in black ou MIB opèrent dans le plus grand secret. Vêtus de costumes sombres et équipés des toutes dernières technologies, ils passent inaperçus aux yeux des humains dont ils effacent régulièrement la mémoire récente : la présence d'aliens sur notre sol doit rester secrète.
Récemment séparé de son vieux partenaire, retourné à la vie civile sans aucun souvenir de sa vie d'homme en noir, K, le plus expérimenté des agents du MIB décide de former J, un jeune policier. Ensemble, ils vont afronter une nouvelle menace : Edgar le cafard...

Alex Whitman et Isabel Fuentes ont connu une brève aventure, une nuit à Las Vegas. Quelques mois plus tard, Isabel resurgit pour apprendre à Alex qu'elle est enceinte de lui. Lui vient de New York et ne jure que pas son travail, elle vient du Mexique et place les sentiments au-dessus de tout.

Jack Quinn, l'un des meilleurs agents spéciaux antiterroristes à la retraite, coule des jours heureux avec sa compagne en attendant leur premier enfant. Jusqu'au jour où la réapparition de Stavros, son ennemi juré, l'oblige à repartir en mission...

Afin de réaliser un documentaire sur une peuplade inconnue d'Amazonie, l'anthropologue Cale et son équipe s'enfoncent dans la jungle. Ils portent secours à Paul Sarone, chasseur de serpent dont l'embarcation est en panne. Il profite de la faiblesse de Cale pour prendre le commandement de l'équipe et s'enfoncer plus avant dans la forêt, à la poursuite du plus grand des reptiles, l'anaconda, qui broie ses victimes avant de les gober tout entières.

Luther Whitney est un voleur élégant qui s'en est toujours pris aux riches. Arrivé au terme de sa carrière, il entreprend de dévaliser la résidence d'un des hommes les plus riches de Washington. Mais lorsqu'il s'apprête à repartir il découvre que la cloison de la chambre forte est un miroir sans tain qui donne sur la chambre à coucher. De l'autre côté de ce miroir, Luther assiste à un meurtre impliquant le Président des États-Unis...

Sur les remparts d'Elseneur, Hamlet, jeune prince du Danemark, voit apparaître le spectre de son père. Celui-ci lui apprend qu'il a été assassiné par son frère Claudius, l'oncle d'Hamlet, en accord avec la reine. Le coupable lui a ravi à la fois épouse, couronne et vie. Hamlet simule la folie pour préparer sa vengeance et délaisse sa fiancée Ophélie, qui devient folle et se noie.

A la mort de sa mère, Amy, agée de treize ans, part vivre chez son père, dans une ferme du Canada. Elle sauve de la destruction des oeufs d'oie sauvage. Les oisillons, lorsqu'ils naissent, la prennent pour leur mère et ne suivent qu'elle. Au point que, pour leur apprendre à voler, Amy se met a l'ULM, avec l'aide de son père qui met au point la machine. Au moment de la migration hivernale, Amy doit guider la troupe de ses amies vers le sud.