XVIIème siècle au Japon, Shimabara, île de Kyushu : le Shogun interdit la chrétienté, ce qui provoque une révolte des chrétiens, menée par Shiro Amakusa. Après un combat de 19 jours, les soldats finissent vainqueurs et massacrent les chrétiens, coupant et empalant leurs têtes sur le champ de bataille. Dans cet enfer, Shiro Amakusa, lui aussi décapité, ressuscite d’entre les morts. Et plein de colère, il décide de se venger du Shogun dans le sang. Mais c’est sans compter avec le fils du maître d’arme du Shogun, Jubei Yagyu, qui compte bien ne pas laisser faire Shiro Amasuka et ses complices, aussi morts soient-ils...

Fils du vassal Takakura, le samouraï Shingo a une réputation de bretteur invincible qui lui attire les faveurs de son suzerain. Un jaloux cherche alors à désavouer Shingo en remettant en question ses origines. Mais il est accusé de diffamation et, dans un accès de rage, blesse à mort Takakura. A l'agonie, ce dernier avoue à Shingo qu'il n'est pas son vrai père et lui révèle les origines de sa naissance. Shingo devient alors un rônin (samouraï vagabond) avant d'entrer au service de Matsudaïra, un proche conseiller du shogun. Mais la guerre civile gronde et met en péril le régime shogunal...

Jiro Kokubu a été élu capitaine du club de Kendo de son université. Son objectif : remporter le prochain tournoi inter-universitaire. Sa méthode : imposer à son corps une discipline de fer et ne vivre que pour la victoire. Le cadet du club, Mibu, admire la vie spartiate de Kokubu et voit en lui un mentor. Mais le vétéran Kagawa critique l'intransigeance et l'idéalisme du capitaine. Pour lui, le kendo peut s'accommoder d'une vie sociale normale. Il affirme que l'ascèse de Kokubu est une imposture. Alors que le tournoi approche, la rivalité entre les deux hommes va tourner au drame...

Hanpei est un petit vassal élevé par un père adoptif. Depuis son enfance, la rumeur dit qu'il est le rejeton d'un chien et d'une suivante. Jardinier de son état, c'est aussi un coureur prodigieux capable de rattraper des chevaux lancés au galop. Un jour, Kikuba, grand vassal du château, remarque que Hanpei a également des talents de bretteur hors pair. Il va alors en faire son homme de main pour éliminer les comploteurs qui tentent en secret de renverser le suzerain, atteint de folie. Devenu assassin de sang-froid "pour sauver son maître", Hanpei ira au bout de son Destin...

Cachée dans un village au coeur de la montagne, Okou, qui a été élevée dans les préceptes ninja depuis sa plus tendre enfance, se voit confier une mission par le patriarche. Elle devra infiltrer le clan ennemi, qui prévoit de détruire le village. Mais Okou tombe amoureuse de son adversaire...

Des paysans décident de se révolter contre le seigneur local en kidnappant sa fille, ils souhaitent que leur ras-le-bol se fasse enfin entendre aux yeux de cet homme qui se complait dans sa riche situation sans se poser des questions. La famine n'est pas son problème. Mais un rônin de passage fait irruption chez les révoltés, Sakon Shiba est simplement porté par sa curiosité. Il ne peut que se joindre à ces hommes méprisés mais faibles face à la force d'un Seigneur. Le rônin parvient vite à ramener un autre rônin, d'une condition pauvre au point qu'il préfère coucher en prison. Le trio se complète par le garde du corps du Seigneur, qui comprend que son statut d'homme de sabre l'empêche de se prélasser dans une vie stable et calme. Et pendant que les trois hommes unissent leurs forces pour affirmer la parole des paysans, ces derniers restent passifs et effrayés, ils sont enfermés dans la peur de mourir.

Sur une île en pleine zone marécageuse, une auberge sert de repère à un groupe de bandits experts en trafic d'objets illégaux. L'endroit est parfait pour dissimuler ces affaires, bien à l'abri du regard des curieux. Même la justice reste à l'écart de l'auberge, non pas par désintérêt, mais par crainte de mettre le nez dans les affaires d'un seigneur puissant.