Cloud Strife, ancien soldat devenu mercenaire, luttant avec les souvenirs de son passé, décide de mener une vie solitaire dans une ville tranquille. Un jour, Cloud reçoit l'appel d'un dénommé Kadaj, un homme mystérieux qui lui demande d'assurer sa protection. Losque Kadaj, Loz, et Yazoo, tout trois frères commencent à rechercher leur "mère", ils décident bientôt de prendre possession de l'orphelinat où Cloud a élu domicile.