Après s'être échoué sur les rivages lointains de Madagascar, nos quatre New-yorkais, Alex, Marty, Melman et Gloria et leurs amis ont concocté un plan dément - si dément qu'il pourrait bien réussir ! Avec une discipline quasi militaire, les pingouins ont rafistolé une épave d'avion, et au terme d'un vol chaotique à souhait, l'improbable équipage a pu rallier les vastes plaines d'Afrique. Les anciens pensionnaires du zoo de Central Park rencontrent alors pour la première fois leurs familles respectives dans leur habitat naturel. Une occasion unique de renouer avec ses racines, mais aussi de mesurer le gouffre qui sépare la nature de la civilisation, le "continent noir" de la "jungle de béton".