Donnie Darko est un adolescent de seize ans pas comme les autres. Intelligent et doté d'une grande imagination, il a pour ami Frank, une créature que lui seul peut voir et entendre. Une nuit, Donnie est reveillé par Frank et échappe ainsi à un accident tragique. Bouleversé par l'improbable mais bien réél accident dont il a failli être la victime, Donnie est persuadé que son nouvel ami dit vrai et que la fin du monde est proche, et que seul Donnie a les moyens de sauver le monde. Des événements bizarres surviennent effectivement dans la petite ville tranquille, et tout le monde soupçonne Donnie d'être fou et coupable de ces événements...