L'histoire commence dans le village caché de Konoha, où vit Naruto, le pire garnement de l'académie des ninjas ! Le passe-temps favori de celui qui rêve de devenir le nouvel Hokage est de faire les quatre cents coups. Mais pour devenir un vrai ninja, la route est longue et parsemée d’embûches... Rien ne peut toutefois réfréner l'enthousiasme de Naruto : en compagnie de Sasuke et de Sakura, il réussit l'examen de ninja inférieur. Bientôt, Maître Kakashi accompagne les apprentis ninjas dans leur première grande mission : escorter Tazuna dans son pays, Nami No Kuni. L’expédition s'avère vite dangereuse : il va falloir affronter les assassins envoyés par le dénommé Gatô...