Le capitaine Nathan Algren est un homme à la dérive, rongé par les souvenirs douloureux de guerres et de massacres contre les Indiens. Il est sur le point de craquer lorsqu'il se voit proposer comme tâche de servir l'empereur Meiji. Ce dernier souhaite ouvrir son pays à l'Occident et moderniser son armée. Chargé de se battre, lui et les conscrits, face au samouraï Katsumoto, Nathan devient son prisonnier. Il va alors apprendre les coutumes et la langue, et se laisser porter par le courage et l'expiation.