Un liseur de rêve perçoit des échos du futur au moment où Kamui Shirô revient à Tokyo après six ans d'absence. Il y retrouve ses amis d'enfance Kotori et Fûma Monô, mais semble garder ses distances. De fait, il revient seulement dans le but de récupérer son épée divine.
Mais son arrivée provoque le rassemblement à Tokyo d'autres personnes aux pouvoirs surnaturels...
Kamui ne sait pas encore qu'il va être très rapidement confronté à un terrible choix : soit intégrer les Dragons du ciel et devenir un protecteur de l'humanité, soit devenir un Dragon de la terre et Âœuvrer pour l'éradication de l'espèce humaine.