Au XXVième siècle, la malade a rayé la quasi-totalité de la population mondiale, à l'exception d'une ville fortifiée, Bregna, dirigée par une assemblée de scientifiques. Un groupe de rebelle vivant sous terre, les Monican, emmené par The Handler (Frances McDormand) envoie leur meilleur élément, Aeon Flux (Charlize Theron) pour assassiner l'un des plus hauts dirigeants du pouvoir en placeÂ…