Un liseur de rêve perçoit des échos du futur au moment où Kamui Shirô revient à Tokyo après six ans d'absence. Il y retrouve ses amis d'enfance Kotori et Fûma Monô, mais semble garder ses distances. De fait, il revient seulement dans le but de récupérer son épée divine.
Mais son arrivée provoque le rassemblement à Tokyo d'autres personnes aux pouvoirs surnaturels...
Kamui ne sait pas encore qu'il va être très rapidement confronté à un terrible choix : soit intégrer les Dragons du ciel et devenir un protecteur de l'humanité, soit devenir un Dragon de la terre et œuvrer pour l'éradication de l'espèce humaine.

XXIVe siècle. Johnson, le plus commun des mortels, a une vie paisible mais monotone. C'est ce qui le pousse d'ailleurs à faire un tour chez un marchand de rêve. Il ne sait pas encore que cette expérience va faire basculer sa vie en provoquant l'éveil de sa véritable personnalité. Johnson n'est autre que Cobra, l'homme au psychogun, ennemi juré des pirates de l'espace qui rêvent de l'éliminer depuis de nombreuses années.
Las de ces incessants combats, il avait lui même enfoui dans son inconscient son ancienne existence. Le voilà à présent de retour. Accompagné de sa fidèle coéquipière Lady Armanoïd, Cobra se met en quête du fameux trésor de Nelson. Mais il faudra compter avec l'indestructible Homme de verre, un des chefs de la Guilde des pirates qui n'entend pas se faire brûler la politesse.